其实吴三桂本身是想挟天子以令诸侯，但可能是永历帝长得丑，并非人才，说话也不好听，惹怒了吴三桂，吴三桂一怒之下把永历帝给勒死了，历史其实就那么简单。因为他愚蠢，不但愚蠢，并且器小。一、吴三桂想用这种"自绝于汉族人民"的极端方式来表达对满清的忠诚，没有比皇帝的人头更大的投名状嘛！他希望以此换取满清对他的包容，他从来没有夺取天下的志气，他理想就是当一个类似明朝黔国公，得到子子孙孙"永镇云南"的地位，混个土霸王足矣，这就是器小。
二、吴三桂根本没有意识到自己的耗材属性，历史上他这种拥兵自重的异姓王从来没有好下场，何况这回不但异姓还加上异族，他百分百不会有善终，他居然对此心怀侥幸，满清八旗和他打了一辈子仗，对手是什么人，没点逼数？把自己的性命托付对手，这是何等愚蠢。
三、永历帝事实上是吴三桂的护身符，只要永历在一天，他吴三桂就有"统战价值"，清廷就不敢撤藩，洪承畴私下教过吴三桂"若要安，不可使云南一日无事"，话都挑明到这个地步了，永历逃亡国外，本来就不好抓，反正就是抓不住，清廷敢把他怎么滴？今年抓不住明年继续抓，抓它几十年可以不？清廷敢换人来抓吗？吴三桂目光短浅，利令智昏，杀了永历，兔死狗烹，他还有何用？！这是唯结果论史观导致的误解，吴三桂失败了，就说他所有策略一直都是错的，这未免不太客观。在当时的历史情境下，从吴三桂的角度看，在他没有决心造反之前，杀死永历不算是一个败笔。
吴三桂开关投降之时，多尔衮在给吴的信中保证裂土封王，然而清廷只是封吴为王，甚至给予他节制两省督抚的权力，始终不肯兑现裂土的承诺，从无明诏确定其封国。
吴三桂与清廷之间始终是相互戒备，这从许多细节可以看出。比如清廷招吴应熊为额驸，既可以看作是对吴三桂的宠信与奖赏，也是将吴应熊扣在北京做人质。《清史稿》记载吴应熊在北京交游广阔，"散金钱，交通四方。"为吴三桂搜集情报。再比如《四王全传》记载，顺治去世时，吴三桂入京拜祭，却提大兵三路北上，吴三桂未到，吴藩前导军队在京郊地方已经"人马塞途，居民走匿"，无非是担心清廷将他软禁夺权。
世祖宾天，三桂入临；虑廷议见留，乃提兵远道三（？），络绎启行。三桂未至，前驱在燕者人马塞途，居民走匿。朝廷恐其为变，令于京城外塔厂设祭；三桂哭临，成礼而去。
顺治十四年洪承畴在云南时，曾与吴三桂讨论过是否要消灭永历。洪承畴告诫吴三桂不要消灭永历，"公追桂王，务宜从宽。"从《庭闻录》的记载看，这段对话应该是吴三桂向洪承畴请教"自固之策"时，洪答以"不可使云南一日无事也"之外的内容。所谓自固不仅仅是巩固自己在云贵两省的权位，而应该是吴三桂心心念念的"世镇云南"，洪承畴的意思是要吴三桂养寇自重，永历一日在，清廷就一日需要吴三桂镇守云南。
清朝不是明朝，不会一直以辽饷来供养关宁。顺治十七年，由于云南军饷浩巨，当地民生困苦，清廷命吴三桂裁撤麾下绿营，吴三桂避无可避，他此时只有两个选择，一是遵令裁军，二是找出一个合理理由拒绝。吴三桂上了著名的《渠魁不翦三患二难疏》，这封奏疏直接反映了吴三桂对局势的真实看法。吴三桂认为云南有三难，一是永历和李定国白文选在，人心难定，二是土司反复不定，随时反叛，三是如若李定国反攻，难保投诚官兵不会心念旧主，再次倒戈。
惟是再三筹斟，窃以为边孽不殄，实有三患二难，臣请毕陈其说。夫永历在缅，而伪王李定国、白文选、伪公侯贺九仪、祁三升等分住三宣、六慰、孟良一带，藉永历以惑众心，傥不乘此天威震赫之时，大举入缅，以尽根株，万一此辈立定脚根，整败亡之众，窥我边防，奋思一逞，比及大兵到时彼已退藏，兵撤复至，迭扰无休，此其患在门户也。土司反复无定，惟利是趋，有如我兵不动，逆党假永历以号召内外诸蛮，饵以高爵重禄，万一如前日元江之事，一被煽惑，遍地蜂起，此其患在肘腋也。投诚官兵虽已次第安插，然革面恐未革心，永历在缅，于中岂无系念？万一边关有警，若辈生心，此其患在腠理也。
前文已经提到，吴三桂对清朝深怀戒心，早就有了兔死狗烹之惧，而且当面向洪承畴请教，洪还劝其不要绞杀永历，方可自固。磨盘山之战后，李晋王和白文选部对他吴三桂威胁大减，吴三桂多次派人深入缅甸交涉，对永历朝廷在缅甸的悲惨遭遇是了解的，那么他为何还要请旨入缅消灭永历呢？
顺治一直不肯兑现裂土的承诺，利用云南当地民生凋敝，经济困难来施压吴三桂裁军，其目的恐怕并不是真的要大大削弱吴三桂，但永历作为明朝的旗帜，是清廷的生死大敌，吴三桂真的在云南败给李晋王，清廷也是不乐见的。
吴三桂明言自固，即将云贵二地当作事实上的藩地经营，一个特别明显的例子是"西选官"，地方官员的任命理应出自朝廷，沐氏在云南都没有这样大的权力，吴三桂敢于这样做的目的不言自明，有趣的是，清廷居然默认了吴三桂擅自任命地方官的行为，这应该给予吴三桂极大的希望。吴三桂在《三患二难疏》中所说的二难，都是不愿意过度竭泽而渔，耗尽云南本地的民力，隐约有以此为基业之意。
吏、兵二部选用文武官，三桂欲市恩于人，每以藩府龙凤下批；咨部曰：某为某守令，某为某参游。虽部选以定例，必撤回而用藩府所咨选者：号曰「西选」。西选之官，几满天下；所选官莅任，督抚大吏亦改容加礼，惟恐得罪藩府也。
清廷应该是知晓吴三桂所求，迟迟不予兑现，是为了利用吴三桂消灭永历这个明朝最后的皇帝。清朝自身作为明朝关宁养寇自重的对象，对于吴三桂养寇自重的伎俩再熟悉不过，所以利用裁军来减轻吴藩的吸血能力，也适度削弱吴三桂的实力，此时的吴三桂所求不过是正式封藩云贵，而不是彻底造反，此时的云贵和当年的关宁一样，都没有自身造血能力，需要朝廷输入粮饷。入缅消灭永历与清朝的意图不谋而合，也提供了反对裁军的合法理由，成了吴三桂继续封藩大梦的唯一选择。
顺治元年（1644年）降清，吴三桂投降清朝，并在山海关大战中大败李自成，被封为平西王，随后引八旗铁骑入关南下，横扫长江以南半壁江山。顺治十六年（1659年），吴三桂镇守云南，引兵进入缅甸，迫缅甸王交出南明永历皇帝朱由榔，而南明朝廷的最后一位皇帝。康熙元年（1662年），吴三桂杀永历帝于昆明，南明灭亡。同年，吴三桂晋封为平西亲王，与福建靖南王耿精忠、广东平南王尚可喜并称"三藩"。
吴三桂原为明朝辽东将领，自降清以来，屡次受到官职升迁与爵位封赏，但是每次封赏都几乎是以对南明作战的功勋而取得，而在手刃南明永历皇帝朱由榔之后，吴三桂也到达了权势的最高峰，不仅自己封疆裂土，自己的儿子吴应熊也成为了额驸，吴家显赫一时。
吴三桂非常清楚，永历皇帝必须死，而这也是他必须要向朝廷纳的"投名状"。
历史上的朝代更替，亡国之君和前朝统治家族能得到善终的，是屈指可数，除了秦始皇留下了六国的贵族，也就只有曹丕称帝后保全了汉献帝了，但是在取代前朝统治者之前，还是要象征性的效仿尧舜，做一下禅让的。
但是清朝取代明朝的情况又是非常特殊的，正统的明朝并不是由满清灭掉的，而是由李自成所灭，吴三桂投降满清，引清兵入关攻打李自成的理由也就是为崇祯报仇，这个时候只有除掉了所有的明朝朱姓皇室，才能让清朝对于明朝统治的继承具备传承性和正统性，所以永历皇帝是必须要死的，不管是被吴三桂杀死也好，还是真的能被押解回京也罢，终究摆脱不了亡国之君既定的命运。
但是，对于吴三桂而言，由他亲手处死永历皇帝却有着非常重要的意义。首先，这是吴三桂为了向朝廷表示自己同明朝断绝关系的决心。
纵观中国古代史，异姓的王爷一直就受到皇家统治者的忌惮，特别是手中握有兵权的异姓王，更是皇帝的心腹大患。不同于其他三位异姓王，定南王孔有德、平南王尚可喜以及靖南王耿精忠，吴三桂是最晚的投降的，甚至可以说是"被迫"投降的，而吴三桂在投降前后也一再坚持，投降只是为了给崇祯报仇，并且也是打着给崇祯报仇的旗号引清兵入关，这样不得不让统治者怀疑吴三桂对于满清朝廷的忠心。
而吴三桂诛杀永历皇帝则是用自己的实际行动表示，自己同明朝的断绝了联系，对于大清是忠心耿耿，也让朝廷看到自己的忠心，进而能让朝廷放心，保住自己的爵位和荣华富贵，即便不考虑这些，自己的儿子都在北京当人质，也是要为自己的后代着想一下。
其次，吴三桂这么做必然背上"叛徒"的骂名，而这也是朝廷所希望看到的。
在传统的忠孝观念的影响下，汉族地区的百姓和士大夫阶层虽然表面上屈服于吴三桂的影响力，但是在内心，对于吴三桂"背主求荣"的行为必然是非常鄙视，诛杀永历皇帝，也让吴三桂彻彻底底的背上了"叛徒""汉奸"的骂名。这样吴三桂将彻底失去南方民众的人心，也将自己放在了传统文化的对立面，即便吴三桂真的有二心，也不会得到支持，这一点也让清朝对于吴三桂放心了很多。而这也成为了吴三桂向朝廷纳的"投名状"。
再次，吴三桂杀掉永历皇帝，恰恰是朝廷所想要看到的，也算是朝廷"借刀杀人"。
如果是永历皇帝被押解北京，且不说千里迢迢，路上恐遭到意外而功亏一篑，更为重要的是，即便用永历皇帝到了北京，反而成为了清廷的一块"烫手山芋"，在"华夷之辨"和"朱明血统"面前，不管怎么处理，都会引起动荡。
而吴三桂率先动手，在昆明就将永历皇帝处死，可以说是帮助朝廷解决了一个大的难题，不仅除掉了南明朝廷最后的皇帝，铲除了南明皇室血脉，更为重要的是，并不是由满清朝廷自己动手，不会激发民族矛盾，也让自己统治的传承性和合法性不会受到影响，所以必将是对吴三桂非常的满意。
吴三桂虽然没有听洪承畴的话不要消灭永历，但养寇自重却玩的炉火纯青。他入缅消灭了《三患二难疏》中的二患二难，却留下了一患，即当地的土司。《庭闻录》中记载他时不时派遣军队挑衅当地土司却不进攻，当土司反击时他就向清廷奏报边警。通过这种手段他确实保存了军力，清廷也像明朝供养关宁那样持续提供了巨额的军饷，所以三藩之乱初期，吴军势如破竹，直抵长江南岸，从吴三桂的立场看，杀死永历并不算是一个败笔。
自土酋平後，內地寧謐，諸番部落治兵搆怨，不過自相仇殺，初無有犯中國心。邊將生事挑釁，番人遊騎間至邊外，亦未嘗大舉深入也。趙某輩□吳三桂意，妄報邊警。三桂挾封疆以重，張皇邊事，自負萬里長城。鎮將欺督撫、三桂欺朝廷，懷「藏弓烹狗」之慮，深「市權固位」之念；重勞王師，傷財所不顧矣。
关于永历帝到底是怎么死的，众说纷纭，很多记载说是被吴三桂用弓弦勒死的。金庸先生的鹿鼎记里，韦爵爷送建宁去云南之后，见到吴三桂之后有一段情节是这么写的。
韦小宝又道："听说明朝的永历皇帝，给王爷从云南一直追到缅甸，终于捉到，给王爷用弓弦绞死……"说着指着墙上的一张长弓，问道："不知用的是不是这张弓？"
这个并不是真正的历史，只是文学作品里的描述。按理说，即使要勒死，为什么非要用弓弦呢？我觉得这一点不太靠谱。如果真的是弓弦勒死，那么场面应该还是比较惨的。因为弓弦很细很坚韧，勒的时候难免会陷入肉里，甚者勒进喉管里，勒断动脉都是有可能的。那种场面肯定令人不忍目睹的，毕竟也是曾经的帝王。
甚至还有人说，永历帝是被吴三桂亲手勒死的，我觉得这一点也是十分的不可信。首先对于一位三军主帅，杀人用不着自己亲自动手。其次，他做了汉奸已经是大逆不道名声尽毁了。如果自己再亲手做出如此残忍不堪之事，不仅会惹得天怒人怨，而且新主子说不定也会心惊肉跳。
但是永历帝肯定是死在吴三桂的手里，这一点是毋庸置疑的。永历帝的贴身侍卫邓凯在其所著的《求野录》中说
四月二十五日，吴三桂以白布一条进献皇帝。不久，永历就驾崩了。
这里就比较清楚了，说的是吴三桂用一条白布进献皇帝，这个"献"字表明，虽然吴三桂要永历帝死，但是还是保持了一定的礼仪。只是给了一条白布叫他自缢，并不是亲手勒死。
结合一些史料的记载，我更加确信永历帝是自缢而亡的。在《南明史》记载：
少顷，三桂进见，初甚倔傲，见王长揖.王问为谁?三桂噤不敢对。再问之，遂伏地不能起，及问之数至，始称名应。
吴三桂虽然做了汉奸，但是看到旧主子，还是很心虚的，虽然一开始装作很镇定傲慢，但是见到天子威仪，几下子就露出了马脚，跪倒在地。
这个永历帝毕竟是皇帝，所以自身还是带有很强大的气场的，而且虽然被俘，但是不卑不亢，非常有君王气度。在《南明史》里还记载着永历帝怒斥吴三桂的情节。
汝非汉人乎?汝非大明臣子乎?何甘为汉奸叛国负君若此?汝自问汝之良心安在?，一连四问让吴三桂"伏不能起，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背，自后不复敢见"。
吴三桂毕竟还是心中有愧的，面对永历帝的怒斥，他趴在地上都起不来了。被骂的狗血淋头，脸如死灰，汗流浃背。而且是被手下人扶出去的的，竟然连路都不会走了，从此之后再也不敢见永历帝了。所以看到这些，你还相信这么怂的吴三桂，敢去勒死永历帝吗？
在《南明史》里还记载的一件事情，我就觉得纯粹是胡扯，毕竟也需要给自己贴金嘛。
满兵中有蓝旗章京兀儿特者，见而大愤，曰："吴三桂食明厚禄，何无毫发恩乃尔!"谓其下曰："此真天子也，可奉之为百世功。"八旗将士拜呼万岁，争去辫为号。"
我严重怀疑自己看错了，这种事情绝对不会发生的。这个蓝旗章京竟然怒斥吴三桂食大明俸禄，而不忠君爱国，并且说永历帝是真正的天子。以致八旗将士拜呼万岁，这是要投降的节奏吗？看看满族的八旗制度，他们怎么可能造清朝的反，身家性命都不要了吗？除非就是永历帝成神了，这又怎么可能呢！
后面还说八旗兵准备劫出永历帝，准备自立。于是和吴三桂的大军进行了火拼，最后被吴三桂全部消灭。关于吴三桂杀八旗兵这点是有记载的，但是要说是因为他们为了救永历帝造反，所以被杀，这就太扯了。
总之，最后，永历帝自尽了，那么吴三桂为什么要一定要永历帝死呢？我觉得无外乎这么几点原因。
1，反清的这面大旗必须砍倒，这是结束战争尽快恢复社会秩序的手段。
此时的天下大势未定，永历帝只要存在，战乱就不会停止。他们依然会打着永历帝的旗号和大清作对，如果永历帝死了，就相当于斩断了他们的信仰。不看别人，看看李定国就知道了。在永历帝失踪后，李定国焦急万分，四处寻找，在得知被缅甸扣留之后，同缅甸军队连番大战。在得知被缅甸献给吴三桂之后，他依然不死心，于1662年4月，率军进入勐腊，派人向西双版纳借兵。5月，礼部侍郎江国泰说服暹罗(泰国)与李定国联姻，暹罗国借给了李定国很多象兵。蜀人马九功也从古剌返回了云南，已集四千人，愿意和李定国互为犄角。可以说此时的战局还是很难测的，以李定国的军事才能，一旦救回了永历帝，作为旗帜和号召，很快就会聚齐大批的军队，清朝就没那么好过了。
在得知永历帝死了之后，李定国的精神支柱一下子就崩塌了。他命全军为永历帝戴孝，自己更是披发徒跣，号诵抢地，两目皆血泪，不久就死掉了。
2，杀死永历帝是吴三桂向新主子表达忠心最实在的行动。
杀死永历帝是最好的投名状了，也是自己表示忠心的最好机会，这个就没什么好说的了。而且清朝肯定会手握重兵的吴三桂不放心，让你的双手沾满前主子的鲜血，你就永远翻不了身了，所以的汉人都会鄙视你，痛恨你，你就只能一条路的跟着大清朝。
在怎么处死永历帝的问题上，吴三桂是专门请示了小皇帝的，当然了，这时候小皇帝还坐不了主，当时四个辅政大臣说了算。而且在永历帝的问题上，绝对不会说算了这种话的，如果不斩草除根就要永留后患了。
所以朝廷下旨要把永历帝押送北京处理，而且之前永历帝还请求吴三桂让自己去北京受死，吴三桂也是答应了的。可是吴三桂考虑到路上不安全，就主张就地处决。
有记载说，吴三桂主张砍头，定西将军爱星阿和安南将军卓罗不同意，说永历帝毕竟是一国之君，砍头未免太惨，不如让其自尽了事。我觉得吴三桂不会提出这样的主张，这应该是后世丑化他的言语。让后人看看，这个大汉奸连满人都不如。
总之，永历帝死了，天下就平安无事了，这是各方面共同的需求。