闪含语系
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闪含语系又称“閃米特-含米特語系”、“亚非语系”、“非亞語系”、“非洲-亞洲語系”或“阿非罗-亚细亚语系”，主要分布在非洲北部和亚洲的阿拉伯半岛。
此語系在非洲最常通行的語言是阿拉伯語、索馬利亞語、柏柏爾語、豪薩語、阿姆哈拉語、奧羅莫語。
闪含语系主要的共同特征是：
是一种屈折语
辅音除了有清辅音和浊辅音外，还有一种重辅音，是在口腔后部和喉腔形成的
动词有人称前缀
有格和性的区别，但比印欧语系简单
词根基本由辅音组成
尼罗-撒哈拉语系
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尼罗-撒哈拉语系分布于非洲的尼罗河沿岸，尼日尔河沿岸以及非洲中部的撒哈拉地区。此語系的語系關係未有決定性的證據，支持有此類別的語言學家不多[4][5]。把桑海語列入這語系引起了質疑，有些人主張桑海語應視為獨立的語系。
列入此語系的著名語言包括卡努里語（撒哈拉語族（英语：Saharan languages））、努比因語（英语：Nobiin language）（古代努比亞人的語言）、富爾語、桑海語，以及屬於尼羅特語族的丁卡語、盧歐語、馬賽語。
尼日尔-刚果语系
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尼日尔-刚果语系分布在非洲的中部和非洲南部部分地区，班圖語支佔大宗。史瓦希利語（Swahili）为使用人数最多的班圖語，大部分使用者在坦桑尼亚东部和肯尼亚东南部。其他主要的班圖語有辛巴威的紹納語（Shona）、剛果的林格拉語（Lingála）、南非的祖魯語等等。在非班圖語中，富拉語、沃洛夫語、阿坎语、莫西語、約魯巴語、伊博語在西非有相當數量的使用者。
曼德語族通常劃分在尼日尔-刚果语系，但和尼日尔-刚果语系的語系關係相當疏離，不屬於大西洋-剛果語族。常通行的曼德語族為曼丁諸語言（英语：Manding languages），像是班巴拉語、曼丁哥語、迪尤拉語、索寧克語（英语：Soninke language）等。
保有自己宗教傳統的多貢人（Dogon）所說的多貢諸語言（英语：Dogon languages），同樣不屬於大西洋-剛果語族。
許多尼日尔-刚果语系語言都是聲調語言，詞句順序通常為主謂賓結構（SVO）。而南非的祖魯語和科薩語，受到鄰近的科伊桑語系語言影響，而帶有搭嘴音（吸氣音）。
科伊桑语系
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科伊桑语系主要分布在非洲南部及东部各国。研究科伊桑民族和語言的學者，認為這分類內部缺乏有互相關連的證據，不同意有所謂的「科伊桑語系」。除桑達韋語和哈扎語外，科伊桑學者把其他語言分為 Tuu、Juu-ǂHoan、Kwadi-Khoe 3個語系。科伊桑的各語言，以搭嘴音（吸氣音）之多而聞名。
非本地语言
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非洲国家的官方语言分布图：很多国家不止有一个官方语言
非洲的非本地語言语言主要属於以下4个语系：
马达加斯加语（为南岛语系语言）
古吉拉特语（印欧语系，印度-雅利安语支，源於來自印度的移民）
南非语、葡萄牙语、英语、法语、西班牙语（印欧语系）
随着欧洲殖民主义国家的入侵，大多数非洲国家皆采用非洲以外语言作为官方语言，不过如今亦有本地语言，例如斯瓦希里语被用作非洲国家的官方语言。
在非洲被广泛使用的非本地语言有阿拉伯语、法语、英语、葡萄牙语、南非语、和马达加斯加语等语言，分别属于闪含语系、印欧语系和南岛语系。
古代还有古波斯语、希腊语、拉丁语等语言，主要通行在北非、埃及等地区。
克里奥尔语
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在非洲各個曾受殖民統治的國家裡，都發展出多種克里奥尔语。
未分类语言
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非洲的未分类语言包括：
Ongota语（或属闪含语系）
Shabo语（或属尼罗-撒哈拉语系）
Laal语和Jalaa语（或属尼日尔-刚果语系）
比较鲜为人知的有Bete语、Bung语、Kujarge语、Lufu语、Mpre语、Oropom语、和Weyto语。
另外，Kadu语、科尔多凡语、Hadza语和桑达韦语的语言学分类尚具有一定的争议性。
手语
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许多非洲国家都有官方的国家手语，譬如阿尔及利亚手语、突尼斯手语、埃塞俄比亚手语等等。亦有一些手语是限于某地区或者某村的范围内才使用，有加纳的Adamorobe手语等作为例子。